Shinichi est un détective lycéen très réputé au Japon, il utilise ses grands talents de détective pour résoudre des affaires complexes et par la même occasion pour aider la police.
Alors qu'il se rendait à un parc d'attraction avec son amie d'enfance et sa camarade de classe Ran Mouri, il est témoin d'une transaction douteuse entre des hommes vêtus de noir. Absorbé par cet échange, il ne fait pas attention à l'homme qui s'était glissé derrière lui, et qui l'assoma.
Ils lui forcent à prendre un drôle de médicament, drôle car lorsqu'il repris ses esprits... son corps avait rétréci !
Conan est en fait Shinichi avec 10 ans de moins. Si cette organisation savait que Kudo Shinichi était encore vie, il serait pris pour cible lui et tout son entourage, il décide donc suivant les conseils de son voisin et ami le professeur Agasa de cacher sa véritable identité.
Afin de collecter le plus d'informations possibles sur ces hommes, Conan/Shinichi s'est installé chez Ran dont le père est détective...