Ryo Takatsuki, Hayato Shinguu et Takeshi Tomoe sont 3 adolescents avec une faculté extraordinaire qu'on appelle "Arms". Ils peuvent ainsi transformer une certaine et unique partie de leur corps en n'importe quoi susceptible de servir d'armes de destruction ou de défense.
Toutefois, ces jeunes garçons apprennent qu'ils ne sont pas trois mais quatre à avoir ce pouvoir...ils doivent retrouver ce quatrième personnage avant leur mystérieux ennemi.